Уже на ранних стадиях заболевания могут развиваться сифилитический менингит, менингоэнцефалит, резкое повышение внутричерепного давления, инсульты с полными или частичными параличами и т.д. Эти тяжелые явления весьма редки и, к счастью, достаточно хорошо поддаются лечению. Поздние поражения (спинная сухотка, прогрессивный паралич) возникают, если человек не лечился или лечился плохо.
При спинной сухотке бледная трепонема поражает спинной мозг. Больные страдают от приступов острых мучительных болей. Кожа их теряет чувствительность настолько, что они могут не почувствовать ожога и обратить внимание только на повреждение кожи. Походка изменяется, становится «утиной», появляется вначале затруднение мочеиспускания, а в дальнейшем недержание мочи и кала. Особенно тяжело протекает поражение зрительных нервов, в короткое время, приводящее к слепоте. Могут развиваться грубые деформации крупных суставов, особенно коленных. Обнаруживаются изменения размера и формы зрачков и их реакции на свет, а также снижение или полное исчезновение сухожильных рефлексов, которые вызываются ударом молоточка по сухожилию ниже колена (коленный рефлекс) и над пяткой (ахиллов рефлекс).
Прогрессивный паралич развивается обычно через 15—20 лет. Это необратимое поражение головного мозга.
Резко меняется поведение человека: уменьшается трудоспособность, колеблется настроение, снижается способность к самокритике, появляются либо раздражительность, взрывчатость, либо, наоборот, необоснованная веселость, беззаботность. Больной плохо спит, у него часто болит голова, дрожат руки, подергиваются мышцы лица. Через некоторое время становится бестактным, грубым, похотливым, обнаруживает склонность к циничной брани, обжорству.
Его умственные способности угасают, он теряет память, особенно на недавние события, способность к правильному счету при простых арифметических действиях «в уме», при письме пропускает или повторяет буквы, слоги, почерк становится неровным, неряшливым, речь замедленной, монотонной, как бы «спотыкающейся». Если не проводится лечение, то совсем теряет интерес к окружающему миру, вскоре отказывается покидать постель, и при явлениях общего паралича наступает смерть. Иногда при прогрессивном параличе возникает мания величия, внезапные приступы возбуждения, агрессии, опасные для окружающих.