Во вторичном периоде в специфический процесс могут оказаться вовлеченными практически все органы и системы, хотя это бывает не часто. В основном поражаются кости и суставы, центральная нервная система и некоторые внутренние органы. Периостит встречается у 5 % больных в виде диффузных утолщений, проявляясь болезненными тестоватыми припухлостями и ночными болями в костях. Наиболее часто поражаются кости черепа и большеберцовые. Поражение суставов обычно протекает по типу полиартритического синовита с образованием выпота в суставной полости. Сустав представляется отечным, увеличенным в объеме, болезненным при надавливании. Очень характерны появление болей в суставе при попытке к движению и исчезновение их во время движения.
Наиболее часты специфические висцериты вторичного периода: сифилитический гепатит (увеличение и болезненность печени, повышение температуры тела, желтуха), гастрит, нефрозо-нефрит, миокардит. Сифилитические висцериты быстро проходят после специфического лечения. При неврологическом обследовании с анализом цереброспинальной жидкости обнаруживают сифилитический менингит (нередко асимптомный), иногда осложняющийся гидроцефалией, а также сифилис сосудов мозга (менинговаскулярный сифилис), реже — сифилитические невриты, полиневриты, невралгии. Положительная реакция Вассермана при вторичном свежем сифилисе наблюдается в 100 % случаев, при вторичном рецидивном — в 98—100 %.
Если больной не лечился, то через несколько лет после заражения у него может наступить третичный период. У некоторых больных по завершении вторичной стадии навсегда исчезают какие бы то ни было симптомы. Однако у других они, оставаясь скрытыми на протяжении 1—20 лет, возобновляются. В течение скрытого (латентного) периода трепонемы разносятся кровью и попадают в различные ткани организма. Поражение этих тканей приводит к тяжелым последствиям, характерным для третичной (поздней) стадии сифилиса.