Причины облысения чаще всего неизвестны, можно лишь предполагать аутоиммунный механизм поражения волосяных луковиц. Считается, что волосы выпадают в результате «атаки» лимфоцитов на растущий волосяной фолликул, из-за чего нарушается процесс кератинизации и стимулируется телогеновая фаза.
Нередко гнездная алопеция связана с очагами хронической инфекции, кроме того, имеются данные о снижении содержания цинка и меди в волосах. Недавние исследования также показали у больных очаговой алопецией нарушения реологических свойств крови (усиление агрегации эритроцитов на фоне повышения вязкости цельной крови и сыворотки, уменьшение деформируемости эритроцитов), что позволяет говорить о синдроме повышенной вязкости.
Генетические факторы семейной предрасположенности к алопеции наблюдаются в 30 % случаев.