Вегетирующая пузырчатка в начале своего развития сходна с вульгарной. Заболевание часто начинается с поражения слизистой оболочки рта. Однако уже с самого начала пузыри имеют тенденцию к локализации вокруг естественных отверстий и в кожных складках (паховых областях, под молочными железами, в подмышечных ямках), а также вокруг пупка.
В дальнейшем при вскрытии пузырей на поверхности эрозий развиваются папилломатозные разрастания (вегетации), покрытые сероватым налетом. Сливаясь, они образуют обширные вегетирующие поверхности.
Симптом Никольского положительный. На слизистых оболочках вегетации редки, но на границе с кожей (область губ, носа, гениталий, ануса) встречаются часто. Регрессируя, вегетации ссыхаются, уплощаются, а эрозии эпителизируются, оставляя на коже выраженную гиперпигментацию. Заболевание протекает хронически или подостро (злокачественно), заканчивается летально.