Иногда в окрашенном или неокрашенном препарате можно встретить различные виды грибов.
Дрожжевые грибы рода Candida — почкующиеся клетки и короткие почкующиеся нити псевдомицелия (клетки круглой или овальной формы, псевдомицелий — членистый, ветвитстый, споры на нем располагаются мутовками). Наличие этих грибов в мокроте свидетельствует об их активизации, но еще не дает основания для диагноза кандидомикоза, который ставится при учете клинических данных и повторных обнаружениях грибов.
Дрожжевой гриб Criptococcus — возбудитель бластомикоза, имеет вид круглых, частью почкующихся клеток с довольно толстыми двухконтурными стенками.
Плесневый гриб из рода Aspergillus имеет вид обрывков широких нитей мицелия и круглых темно-зеленых спор.
Лучистый гриб Actinomyces встречается в мокроте при поражении легких актиномикозом. Для его обнаружения из мокроты выделяют очень мелкие желтоватые и серовато-белые с зеленым оттенком зернышки, представляющие друзы лучистого гриба, и исследуют под микроскопом. При большом увеличении центральная часть друзы состоит из густого компактного сплетения тонких ветвящихся ветвей мицелия с пигментированными зернами, по периферии клубок мицелия окружен зоной из булавовидных образований со вздутиями на концах, сильно преломляющих свет. Эти образования расположены частоколом и сообщают друзе лучистое строение.
При окраске по Граму нити мицелия окрашиваются в синий цвет, а колбы — в розовый, при окраске по Цилю—Нильсену колбы приобретают красный цвет. Решающую роль в дагностике поражения легких при глубоких микозах играют посев мокроты (и бронхиального содержимого) на специальные питательные среды и серологические методы диагностики.