При попадании в тонкую кишку человека оболочка цисты разрушается, и из нее выходит четырехъядерная материнская клетка амебы. После деления образуются 8 одноядерных паразитов, которые превращаются в вегетативные формы, заселяющие толстую кишку хозяина.
Механизм проникновения амеб в стенку кишки связан с выделением ими протеолитических ферментов. Паразиты разрушают эпителий кишки, что сопровождается некрозом и образованием язв. В основном процесс локализуется в слепой и восходящей кишках, но часто поражаются прямая и сигмовидная кишка. В тяжелых случаях углубление язв до мышечной и серозной оболочек кишки вызывает перфорацию кишечной стенки и развитие перитонита.
Возможен длительный, хронически протекающий амебиаз, при котором возникают амебомы — опухолевидные образования в стенке толстой кишки.
При проникновении паразитов в кровяное русло происходит гематогенная диссеминация амеб. Чаще всего при этом поражается печень, но иногда патологические процессы развиваются в легких, коже, головном мозге и других органах. Внедрение паразитов в ткани кишечника и размножение тканевых форм происходит при иммунодефицитных состояниях, а также при дисбактериозе кишечника, когда амебы испытывают недостаток в обычном для них объекте питания — бактериях толстой кишки.