Перед засевами проб не лишено интереса также и любое микроскопическое исследование, которое можно осуществлять как в отношении свежих неокрашенных, так и на препаратах, предварительно подвергшихся окраске.
При неокрашенных препаратах исследование с бактериологической точки зрения представляет в наше распоряжение данные относительно изобилия бактериальной флоры и возможной подвижности существующих в пробе бактерий. Во время этого исследования следует отмечать наличие эритроцитов, лейкоцитов, кишечных клеток, различных кристаллов (кристаллы Шарко—Лейдена), а также слизи.
При помощи этого микроскопического исследования, осуществляемого непосредственно на неокрашенном препарате, могут быть обнаружены некоторые микологические (дрожжи, ложные мицелии) или же паразитарные элементы (кисты или вегетативные формы протозоа, яйца или личинки некоторых паразитов).
Другие ценные сведения могут быть получены при микроскопическом исследовании окрашенных препаратов фекальных масс, произведенном в копрологической лаборатории. Например, после окраски по Май—Грюнвальд—Гимсу можно определить место, которое занимает на мазке элементы крови: лейкоциты, эозинофилы, эритроциты и т.д. На основании окраски по Граму можно получить сведения о пропорциях и отношениях между грамположительной (Гр+) и грамотрицательной (Гр–) флорой, а после окраски по Люголю можно обнаружить содержащуюся в соответствующих пробах йодофильную флору.
При использовании иммерсионного объектива выявляется окрашенная в фиолетовый цвет йодофильная флора — хламидии или Ceptothrix, расположенные изолированно или цепочкой палочки.